Bebeklerde kalp deliği, doğuştan kaynaklanır. Henüz anne karnında olan bebeklerde ilk 3 ay içinde kalp gelişimi tamamlanır. Gelişimde meydana gelen sorunlarda kalp normal şekilde gelişemez. Bu gelişim bozukluklarından biri de kalbin odacıkları arasında delik olmasıdır. Genellikle bebeğin doğumuyla birlikte ilk yıl içinde bu sorun tespit edilebilir. Kalpte sağ ve sol kulakçıkların arasında bulunan duvarda doğuştan delik olması atriyal septal defekt olarak tanımlanır. Bu sorunda sol kulakçıkta olan temiz kan sağ kulakçığa geçmekte, kalbin pompaladığı kan miktarı ile akciğerlere giden kan oranı artış gösterir. Bu zamanla akciğer atardamarında basınca, kalp yetersizliği sorunun yaşanmasına neden olabilir. Ayrıca yaşam süresinin kısalmasına etkili olur. Toplardamarda oluşabilecek pıhtılarda kalpteki delikten geçerek, beyne ulaşır ve felç gibi ciddi sorunlara neden olabilir. Bu yüzden bebeklerde kalp deliği önemli bir sorundur ve tedavi edilmesi gerekir. Genellikle bebeklerde kalp deliği 2 yaşına kadar kapanabilir. Fakat bebekte soruna neden oluyorsa, hemen kalp deliğinin kapatılması, onarılması gerekir. Yapılan tetkikler deliğin 2 yaşına kadar kendiliğinden kapanacağı hakkında bilgiler verebilir. Delik kendiliğinden kapanacaksa, bebekler eko takibine alınır ve 6 ayda bir kalp deliği kontrol edilir.

Kalp deliğinin boyutu, tipi ve nerede olduğu bunun nasıl tedavi edileceğini belirler. Ancak sol kulakçıktan sağ kulakçığa delikten geçen kanın miktarı fazlaysa bu kalp deliğinin kapatılması gerekir. Çünkü akciğer damarlarında geri dönüşümsüz hasar oluşabilir. Bebeklerde kalp deliği cerrahi girişimle onarılabilir, yani yamalanabilir. Bebeklerde kalp ameliyatları her zaman yapılabilir. Bunun için yaş sınırlaması bulunmamaktadır. Ameliyatta göğüs açılmakta ve kalpte delik onarılmaktadır. Operasyonda hastanın solunum ve dolaşımı durdurulur. Bu sırada kalp ve akciğer makinesine bağlanır ve kalp deliği onarılır.

Ameliyatsız olarak deliğin kapatılması ise uygun olan durumlarda uygulanabilir. Hastalar ilk önce ayrıntılı şekilde tetkik edilir. Transözofageal Ekokardiyografi denilen özel ultrason cihazı kullanılır. Böylece kalpteki deliğin şiddeti uygunluğu belirlenir. Cihaz ağızla mide arasında olan yemek borusuna yerleştirilir ve kalp daha yakından incelenmiş olur. Kalp deliğinin kapatılması, cihazın kenarlarının oturacağı kadar dokusu olan, kalpte pıhtı olmayan, kanamayla ilgili rahatsızlığı olmayan, cihazla ilgili metallere bir alerjisi olmayan hastalara yapılır. Yapılan değerlendirmelerde alt ve süt dokusu yeterli olan, sekundum tipte kalp deliğinde boyut 10 mm ve üzerinde olursa cihazla kapatma yöntemi uygulanabilir.